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De acuerdo con la denuncia que presentó ante el juzgado de instrucción, J S fue detenido por dos policías nacionales en la Plaça de la Universitat (Barcelona) la noche del 3 de junio de 2005 cuando estaba sentado con un pequeño grupo de amigos que acababan de participar en una manifestación del orgullo gay. Los agentes lo agarraron, lo golpearon, lo patearon en la cabeza, el cuello y la espalda y después lo esposaron y lo arrojaron a un vehículo policial. No le dijeron por qué lo habían detenido. Junto con otras personas que también habían sido detenidas, lo llevaron a la comisaría de policía de Via Augusta.
Al llegar a la comisaría, los detenidos –un total de nueve– fueron objeto de insultos, incluidos comentarios homófobos. Se les negó permiso para ir al lavabo, para beber algo y para ver a un médico. Un agente golpeó a J S con una porra en el pecho y le dio puñetazos en la cara, mientras decía: "¡No aguantas nada, maricón!". Uno de los agentes lo pateó en el pecho, dejándole la marca de la bota grabada en la camisa, y le propinó varios puñetazos. Como consecuencia de ello, J S no pudo respirar durante varios segundos y comenzó a sufrir espasmos musculares. Los otros detenidos y uno de los agentes de policía que estaban presentes se preocuparon por su estado y pidieron que lo trasladaran al hospital, pero esta petición fue denegada. Al cabo de unos minutos, dos agentes de policía lo levantaron del banco y J S creyó que se lo iban a llevar para que recibiera tratamiento médico. Pero, en vez de hacerlo, el mismo agente de policía que lo había pateado volvió a golpear a J S en el pecho mientras éste intentaba limpiar la huella de su bota. No cesaba de insultar a J S diciéndole: "Estás hecho un mariquita". Lo llevaron después al Hospital del Mar para someterse a un examen médico. El doctor le dio medicación e instrucciones para tratar sus lesiones, pero al regresar a la comisaría de policía los agentes hicieron caso omiso de las recomendaciones médicas y no le dieron la medicación. J S pasó la noche durmiendo en el suelo de la celda policial sin colchón, y al día siguiente lo trasladaron a la comisaría de policía de Via Laietana.
J S dijo a Amnistía Internacional que inmediatamente después de quedar en libertad de la custodia policial el 7 de junio de 2005, él y otros cuatro detenidos con él presentaron sendas denuncias formales de malos tratos en el Juzgado de Instrucción número 22. Sus denuncias fueron desestimadas el 2 de septiembre por el juez, que llegó a la conclusión de que la policía había actuado con la fuerza mínima necesaria en el momento de la detención. El juez no hizo comentario alguno sobre las denuncias de malos tratos en el interior de la comisaría de policía ni citó a ninguno de los denunciantes para que prestara declaración. De acuerdo con documentos judiciales a los que ha tenido acceso Amnistía Internacional, el juez concluyó que "no existe [...] ningún elemento para considerar que el informe policial sea contrario a la verdad de lo sucedido".41 El juez razonó que aunque la acción policial debía investigarse de forma independiente, "esta exigencia no implica que la policía [...] deba siempre y en todo supuesto ser excluida, por parcial, a la hora de informar sobre lo sucedido".42 Los denunciantes recurrieron contra esta resolución el 19 de octubre, y el juez desestimó de nuevo la denuncia. Javier S volvió a recurrir, ante la Audiencia Provincial de Barcelona, que el 7 de diciembre anuló la decisión del tribunal inferior y le ordenó que investigara las denuncias. A diferencia del juzgado de instrucción, el tribunal de segunda instancia señaló en su fallo la "patente falta de imparcialidad" a la par que el "positivo interés"43 de la policía en producir informes favorables a sus compañeros cuando investiga esa clase de denuncias.
En consecuencia, el juzgado de instrucción ordenó la comparecencia de varios agentes de policía para prestar declaración. J S, su abogado y los demás denunciantes se personaron en el tribunal el 15 de febrero de 2006 para participar en las diligencias, pero J S dijo a Amnistía Internacional que sólo se permitió la entrada al edificio de los abogados. Sin embargo, mientras esperaban en el exterior J S y los demás demandantes vieron llegar a los agentes de policía "acusados" y se dieron cuenta de que sólo uno de ellos había estado presente durante el incidente. J S informó de este hecho a su abogado, que transmitió la información al juez de instrucción y se negó a seguir participando en las diligencias, tildándolas de "farsa". El 8 de marzo de 2006, el juez de instrucción archivó de nuevo el caso por considerar que los testimonios prestados por los agentes de policía que habían comparecido ante el tribunal (y que según las afirmaciones de los denunciantes no eran los que estaban presentes en la comisaría de policía durante el incidente) no indicaban que hubiera ocurrido conducta indebida alguna. Los denunciantes volvieron a recurrir, pidiendo al juez de instrucción que solicitara a la comisaría de policía una lista completa de los agentes que estaban de servicio el día del incidente a fin de identificar e interrogar a los que presuntamente habían intervenido en las agresiones, pero en el momento de redactarse este informe no habían logrado que se reabriera el caso.
El reiterado archivo del caso y la ausencia de una investigación pronta, exhaustiva e imparcial por parte del juez de instrucción ha desembocado en el archivo del caso sin llegar a juicio. El único recurso que les queda a los denunciantes es apelar ante el Tribunal Constitucional alegando denegación del proceso debido, un procedimiento largo y costoso que J S afirma no poder emprender por motivos económicos. Los denunciantes continúan sintiendo una gran rabia y frustración por lo que consideran un doble fallo de la policía y del sistema judicial. Con el apoyo de una ONG local, el Frente de Liberación Gay de Cataluña (Front d’Alliberament Gai de Catalunya), J S ha seguido buscando justicia por otros cauces, incluido el representante del gobierno estatal en Cataluña (Delegado del Gobierno) y el Defensor del Pueblo catalán (Síndic de Greuges), y en ambos casos le han asegurado que se abriría una investigación. Sin embargo, hasta la fecha no ha recibido más información de ninguno de los dos.